營業人進口貨物由海關代徵之營業稅業依法申報扣抵銷項稅額，嗣該進口貨物因故復運出口且不再進口，並經海關退還退運出口貨物繳納之營業稅者，應於取得退稅當期（月）營業稅申報書之進項稅額，扣減海關退還之營業稅。
財政部高雄國稅局表示，依加值型及非加值型營業稅法（下稱營業稅法）第15條第2項後段規定，營業人因進貨退出或折讓而收回之營業稅額，應於發生進貨退出或折讓之當期進項稅額中扣減之。營業人因瑕疵、交易取消等因素，將進口貨物退運出口後不再復運進口，並向海關申報出口報單類別為「G3外貨復出口」及統計方式為「82已完稅進口之外貨因故復出口不再進口」，因此類情形屬進貨退出，若營業人於貨物進口所繳納營業稅，已申報扣抵銷項稅額，嗣後發生進口貨物退運出口，經向海關申請並取得核退進口貨物溢繳之營業稅，形同進項稅額之減少，營業人應自行填具「海關退還溢繳營業稅申報單」，以海關核退稅款當期（月）為報繳營業稅之期（月）別，區分「進項及費用」與「固定資產」分別填入營業稅申報書進項「退出、折讓及海關退還溢繳稅款」欄（申報書第40、41或42、43欄）。
該局舉例說明，甲公司於113年12月間進口一批貨物金額新臺幣（下同）300萬元，繳納海關代徵進口營業稅額15萬元，並於申報113年11-12月期營業稅時，申報該筆進項稅額扣抵銷項稅額；後因其中部分貨物有瑕疵缺損，甲公司將部分貨物計80萬元退運出口至國外供應商且不再復運進口，並向海關申請退還營業稅，於114年2月收到海關核退營業稅4萬元，則甲公司應於申報114年1-2月期營業稅時，填報於申報書第40欄80萬元、第41欄4萬元列為該期進項稅額之減項。甲公司如漏未申報上開退稅額4萬元，將依營業稅法第51條第1項第5款規定，按虛報進項稅額處罰。
該局提醒，營業人如自行發現漏未申報海關已核退之營業稅款，在未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，自動向所轄國稅局補報並補繳所漏稅款，依稅捐稽徵法第48條之1規定，補繳之稅款加計利息，免予處罰。如有任何疑問，可撥打免費服務電話0800-000-321洽詢，或至該局網站（https://www.ntbk.gov.tw）利用國稅智慧客服「國稅小幫手」線上查詢。
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