財政部臺灣省北區國稅局表示，產業創新條例自99年1月1日起施行，為利獎勵資源有效配置於各產業之高度創新研究發展活動、提升徵納認定一致性，經濟部及財政部依產業創新條例第10條第2項授權訂定「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」，明定各產業主管機關負責部分研究發展支出之專案認定及研究發展事實之審查認定，稽徵機關負責支出項目、金額及憑證之審查，藉由行政機關間橫向專業分工，共同協助產業創新發展，並期政府租稅獎勵資源運用具有效率。
該局表示，99年度其轄區內營利事業所得稅結算申報案件，申請適用產業創新條例研究發展支出投資抵減計748家，申報研發支出金額931億3,981萬元，可抵減稅額139億7,097萬元。上開業者，已依規定向中央目的事業主管機關（經濟部工業局及交通部）申請認定99年度研究發展活動之營利事業計712家（36家未提出申請）、提列5,480項研究計畫，其中330家提列1,015項研究計畫經審查符合創新高度水準，申報研發支出金額781億3,992萬元，可抵減稅額117億2,069萬元。截至9月底為止，748家中，該局已核定346家，其中144家提列436項研究計畫經審查符合創新高度水準，核准研發支出金額92億6,755萬元，可抵減稅額13億9,013萬元。
該局特別提醒，產業創新條例第10條租稅優惠，採行政機關橫向分工之審查機制，公司必須於當年度結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內（以會計年度採歷年制之公司為例，即研發支出之次年2月至5月），檢具有關文件向中央目的事業主管機關申請認定當年度研究發展活動，是否符合適用投資抵減獎勵之規定，並於辦理當年度結算申報時，依規定格式填報並檢附有關文件送交公司所在地之稅捐稽徵機關，方符合適用投資抵減獎勵之程序要件。
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