財政部南區國稅局表示，公司及中小企業列報適用投資抵減之研究發展支出，不包括政府補助款在內，也就是說，列報適用投資抵減之研究發展支出應減除政府補助款，以避免同一筆研發支出享有政府補助及租稅減免的雙重優惠。
該局指出，政府為鼓勵公司從事研究與發展，提升國際競爭力，以健全經濟發展，對於公司之研究發展支出，訂有租稅減免之獎勵規定；但是公司若有向各級政府機構申請研究補助，並已取得政府補助款，記得要注意，除於辦理營利事業所得稅結算申報時應將該筆補助款列報收入外，並應自申請租稅獎勵之研究發展支出中減除。
該局舉例說明，於查核轄內某公司103年度營利事業所得稅結算申報案件時，發現該公司列報研究發展支出2,000萬元，並依產業創新條例申請適用研發投資抵減稅額300萬元（2,000萬元×抵減率15%）。嗣經進一步查得，該公司於當年度有取得經濟部給付研究發展計畫補助款500萬元，該公司雖已依規定將補助款列報其他收入，惟發現該補助款並未自申請投資抵減的研究發展支出中減除；經國稅局依規定減除後，核定適用研究發展投資抵減稅額225萬元【（2000萬元－500萬元）×抵減率15%】。
該局再次提醒，公司從事研究發展取得之政府補助款，除列報收入外，並應自申請租稅減免之研究發展支出中減除，以避免同一筆研究發展支出享有政府補助及租稅減免的雙重優惠，遭國稅局核減費用及補稅。
新聞稿聯絡人：綜合規劃科 侯審核員06-2228060
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財政部南區國稅局
2017-01-13