近年兩岸經貿往來密切，為免雙重課稅，企業因申報大陸地區來源所得(含經由經濟部許可於第三地區設立公司投資大陸地區所取得的投資收益)而增加之營利事業所得稅，可依所得稅法第3條及臺灣地區與大陸地區人民關係條例第24條規定，就大陸地區或第三地區繳納之所得稅，申報扣抵營利事業所得稅。
南區國稅局表示，企業扣抵大陸地區及第三地區已繳納所得稅，應注意下列事項:
一、確認所得歸屬年度：係指依權責基礎認定所得歸屬年度的同一年度，而非實際繳納所得稅的年度。
二、檢附之納稅憑證須經認證：屬大陸地區納稅憑證者，應經行政院設立或指定之機構或委託之民間團體驗證，例如經財團法人海峽交流基金會驗證後的大陸地區完稅所得證明文件；屬第三地區納稅憑證者，應經中華民國駐外使領館、代表處、辦事處或其他經外交部授權機構認證。
三、稅額扣抵上限：申報已繳納之扣抵數額，不得超過因加計其大陸地區來源所得，而依臺灣地區適用稅率計算增加之應納稅額。
四、採用之匯率：以該等地區實際繳納稅款日的匯率換算為新臺幣之金額，非申報扣抵營所稅當日的匯率。
五、其他證明文件：(一)足資證明源自大陸地區投資收益金額之財務報表或相關文件。(二)足資證明第三地區公司或事業之年度所得中源自大陸地區投資收益金額之相關文件，包括載有第三地區公司或事業全部收入、成本、費用金額等之財務報表或相關文件，並經第三地區或臺灣地區合格會計師之簽證。(三)足資證明第三地區公司或事業分配投資收益金額之財務
報表或相關文件。
該局進一步指出，營利事業於結算申報時，若未能及時提出大陸地區或第三地區稅務機關發給的納稅憑證，仍可以依稅捐稽徵法第28條規定，自繳納稅款之日起5年內提出具體證明文件申請退稅。
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