財政部近日核釋，機關（構）、事業單位、學校、法人、團體（以下統稱雇主）給付員工確診嚴重特殊傳染性肺炎（下稱COVID-19）隔離治療（包括居家照護、收治於指定處所或醫院）請假期間之薪資超過勞動基準法工資給付標準或勞雇雙方約定金額者，得依廢止前嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例（下稱紓困條例）第4條第1項規定，就該超過部分金額之200%，自申報當年度所得稅之所得額中減除。
紓困條例第4條第1項規定，雇主給付員工依規定申請防疫隔離假或依中央流行疫情指揮中心（下稱指揮中心）指揮官所為應變處置指示而得請假期間之薪資，得就該薪資金額之200%，自申報當年度所得稅之所得額中減除。財政部說明，員工確診COVID-19隔離治療期間，不符合請防疫隔離假資格，而係請普通傷病假、特別休假或事假，雇主按員工請假假別依勞動基準法相關規定給薪或不支薪，與防疫隔離假一律「不支薪」性質不同。基於隔離治療係配合防疫政策需要，且經洽衛生福利部認定可歸為係配合指揮中心指揮官所為應變處置指示而請假，為使雇主給付確診員工及隔離員工薪資之租稅待遇一致，財政部爰核釋雇主給付確診員工隔離治療請假期間之薪資超過規定標準或勞雇約定部分，得適用薪資費用加倍減除。
財政部進一步說明，雇主給付員工前開薪資支出所屬年度已辦理結算、決算或清算申報而未及提出申請，於本解釋令發布時尚未核課確定者，得於112年12月31日以前，填報營利事業所得稅結算申報書（租稅減免附冊）第A31頁「COVID-19員工防疫隔離假薪資費用加倍減除申報明細表」，並檢附薪資金額證明、計算明細表及請假相關證明文件（如各級衛生主管機關開立之COVID-19指定處所隔離通知書或隔離治療通知書、請假單或其他證明文件）向所轄國稅局申請適用；至於未屆申報期限之案件，則於辦理該年度所得稅結算、決算或清算申報（如曆年制112年度營利事業所得稅結算申報案件，於113年5月1日至31日申報）時，依式填報並檢附相關文件申請適用。
財政部提醒，112年3月20日起，指揮中心調整COVID-19疾病通報定義，確診COVID-19輕症免通報、免隔離，改為「0+n自主健康管理」，自主健康管理期間不需強制隔離，雇主給付確診員工自主健康管理請假期間之薪資，可依法列報薪資費用，但不適用紓困條例第4條第1項薪資費用加倍減除；另外，紓困條例施行期間至112年6月30日屆期，112年7月1日以後雇主給付員工薪資均不得適用該條例第4條第1項規定。
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