為促進產業創新，提升產業競爭力，凡最近3年內無違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大之公司或有限合夥事業，從事研究發展活動具有高度之創新，且支出項目符合「公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法」（以下簡稱投資抵減辦法）規定者，應於當年度結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內，向中央目的事業主管機關申請審查，並應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，選擇按支出金額15%抵減當年度應納營利事業所得稅，或按支出金額10%自當年度起3年內抵減各年度應納營利事業所得稅額，惟所抵減稅額以不超過當年度應納營利事業所得稅額30%為限。
財政部高雄國稅局表示，公司或有限合夥事業從事前開研究發展活動，除委外研究發展及共同研究發展約定由國外公司、大專校院或研究機構執行部分者外，以在臺灣地區從事者始得認列研究發展支出，並應注意投資抵減辦法第5條所規定「專門從事研究發展工作全職人員之薪資」支出項目，僅限配置於研究發展單位且專門從事研究發展工作之全職人員，或未設置研究發展單位，但配置於非屬研究發展單位之全職研究發展人員確係專門從事研究發展活動，並應提供前開人員之工作內容、工作時間紀錄及足資證明為符合專門從事研究發展工作全職人員之文件，供稅捐稽徵機關認定；倘從事研究發展工作之人員另有兼辦行政管理、市場調查、統計、管制及主管等工作，即認屬非專門從事研究發展工作之全職人員，其薪資支出尚非屬投資抵減辦法規定得適用投資抵減之研究發展支出。
該局指出近日查核轄內甲公司111年度營利事業所得稅結算申報案，申請適用產業創新條例第10條研究發展支出抵減當年度應納營利事業所得稅額，經審核發現其研究發展支出項目列報「專門從事研究發展工作全職人員之薪資」，包括指派至境外子公司提供技術服務人員薪資，因該等人員當年度出境天數高達3百多天，核非屬在臺灣地區從事研究發展活動，且審核其工作內容主要係管理、監督及製造業務，亦非屬專門從事研究發展工作之全職人員，經該局自研究發展支出項目剔除該等人員薪資支出新臺幣（下同）2千萬餘元，並按申報抵減率15%計算，補徵營利事業所得稅額300萬餘元。
該局提醒，公司申請適用研究發展支出投資抵減租稅優惠，應留意相關費用或支出是否符合前揭投資抵減辦法相關規定，以免遭調整補稅。如有任何疑問，可撥打免費服務電話0800-000-321洽詢，或至該局網站（https://www.ntbk.gov.tw）利用國稅智慧客服「國稅小幫手」線上查詢。
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