財政部臺北國稅局表示，我國綜合所得稅採家戶申報制，夫妻於婚姻關係存續中，應合併辦理結算申報，但是結婚或離婚的當年度，夫妻雙方可選擇分別或合併申報，若因夫妻分居而無法合併辦理結算申報，除符合法定事由而得各自辦理申報及計算稅額外，仍應據實於申報書上填寫配偶的姓名、國民身分證統一編號及勾選分居情形，分別辦理結算申報，再由稽徵機關合併計算全部應納稅額。
該局說明，依所得稅法第15條規定，分居之夫妻符合以下認定標準者，得各自申報及計算綜合所得稅：1、符合民法第1010條第2項難於維持共同生活，不同居已達6個月以上，向法院聲請宣告改用分別財產制者。2、符合民法第1089條之1不繼續共同生活達6個月以上，經法院酌定關於未成年子女權利義務之行使或負擔者。3、依據家庭暴力防治法規定取得通常保護令者。4、納稅義務人或配偶取得前款通常保護令前，已取得暫時或緊急保護令者。
該局舉例說明，納稅義務人甲君與配偶於108年間結婚，嗣因夫妻感情不睦而分居，各自辦理110年度綜合所得稅結算申報，雙方並在申報書勾選夫妻分居，經該局以甲君與配偶110年度仍有婚姻關係，且未符合前述得各自辦理綜合所得稅結算申報之事由，爰合併計算全部應納稅額後分別向夫妻開單補稅。甲君不服，申請復查主張自109年7月起即與其配偶分居，應准予分開申報，經該局以不符合規定，駁回甲君之復查申請。
該局呼籲，納稅義務人辦理綜合所得稅結算申報時，有夫妻分居情形，應注意是否符合法定得各自辦理綜合所得稅結算申報及計算稅額之規定，如僅因夫妻分居、感情不睦之原因，導致無法合併辦理結算申報者，可分別填報申報書，並應於申報書上註明配偶姓名、身分證統一編號及正確勾選分居字樣，以利國稅局歸戶合併計課所得稅。
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