嚴重特殊傳染性肺炎（以下簡稱COVID-19）疫情期間，機關（構）、事業單位、學校、法人、團體（以下統稱雇主）依中央流行疫情指揮中心指揮官所為應變處置指示，給付員工未確診COVID-19申請防疫照顧假期間（適用截止日112年6月30日）或疫苗接種假期間（適用截止日112年4月30日）的薪資，均得依給付薪資金額200%自當年度的所得額減除。
財政部高雄國稅局說明，除上揭雇主給付未確診員工防疫照顧假或疫苗接種假符合條件者得適用薪資費用加倍減除外，財政部於112年9月15日以台財稅字第11200604860號令釋，加碼就112年6月30日適用截止日前，雇主給付員工確診COVID-19經衛生主管機關通知居家照護、收置於指定處所或醫院「隔離治療」請假期間，「超過」勞動基準法規定或勞雇雙方約定薪資部分金額，只要當年度所得稅申報案尚未核課確定者，得申請適用薪資費用加倍減除，就超過部分金額200%，自當年度的所得額中減除。
該局提醒，雇主給付確診員工前述薪資支出所屬年度申報案件，於112年9月15日尚未核課確定者，得於112年12月31日前，按規定格式填報，並檢附薪資金額證明、計算明細表及請假相關證明文件（如各級衛生主管機關開立的COVID-19指定處所隔離通知書或隔離治療通知書、請假單或其他證明文件），申請適用薪資費用加倍減除；逾期申請者，不予受理。另員工因確診隔離治療請假時間落於112年1月1日至同年6月30日間，應於辦理112年度所得稅申報時提出申請。
該局另補充說明，為便利民眾瞭解財政部因應疫情的相關稅務規定及申請流程，財政部網站已建置「財政部因應嚴重特殊傳染性肺炎專區」（https://www.mof.gov.tw/covid19）提供即時多元資訊，請多加利用。如有疑義，可撥打免費服務電話0800-000-321洽詢，或至該局網站（https://www.ntbk.gov.tw）利用國稅智慧客服「國稅小幫手」線上查詢。
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