財政部臺北國稅局表示，營業人與政府機關簽訂研發合約，依規定向政府機關請領研發計畫補助款，除研發成果全部歸營業人所有，非營業稅課稅範圍外，若研發成果歸政府機關所有或由政府機關及營業人公同共有，該項補助款係因提供勞務而取得之代價，屬營業稅課稅範圍，應依規定開立統一發票。
該局說明，甲公司於99年間與政府機關簽訂補助科學教育影片製作計畫合約，合約書中載明於影片完成後，由甲公司與該政府機關雙方合法共有著作財產權，依財政部81年8月11日台財稅第810322314號函釋規定，甲公司取得之補助費係因提供勞務而取得之代價，屬營業稅課稅範圍，自應依營業人開立銷售憑證時限表列之勞務承攬業以收款時為開立憑證時限。惟甲公司於102年間經稽徵機關調查後，始補申報及補繳營業稅，未符稅捐稽徵法第48條之1自動補報補繳免罰規定，故甲公司應予處罰。
該局呼籲，營業人與政府機關簽訂研發合約，向政府機關請領補助款，僅於研發成果全部歸營業人所有時，始非營業稅課稅範圍，如該項收入係因銷售貨物或提供勞務而取得，係屬依加值型及非加值型營業稅法第1條及第3條第2項規定，在中華民國境內銷售貨物或提供勞務予他人，而取得代價者，均應依營業稅法規定課徵營業稅及開立發票。納稅義務人對於課稅如有疑義，應於事實發生前就具體事實洽詢稅捐稽徵機關，以免因違反稅法規定而受罰。
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