財政部北區國稅局表示，依據所得稅法第39條第1項但書規定，公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。
該局進一步說明，有關會計帳冊簿據完備，係指營利事業應依所得稅法第21條規定保持足以正確計算其營利事業所得額之帳簿憑證及會計紀錄為要件，倘涉及短漏報所得額情節，原則上不得適用盈虧互抵，惟如符合財政部83年7月13日台財稅字第831601175號函規定短漏報所得稅稅額不超過新臺幣（下同）10萬元或短漏報課稅所得額占全年所得額之比例不超過5％，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，得視為短漏報情節輕微，免按會計帳冊簿據不完備認定，仍准適用所得稅法第39條盈虧互抵之規定。
該局舉例說明，甲公司111年度營利事業所得稅經會計師查核簽證申報全年所得額500萬元，並列報前10年核定虧損400萬元後，申報課稅所得額100萬元並自繳稅額20萬元。嗣經查核發現甲公司111年度短漏報所得額70萬元，因該短漏報所得額70萬元占核定全年所得額570萬元之比例12.3％已超過5％，且短漏報所得稅稅額14萬元（短漏報所得額70萬元×稅率20％）亦已超過10萬元，不符前揭函釋所稱短漏報情節輕微之情形，應按會計帳冊簿據不完備認定，不得適用盈虧互抵，故核定全年所得額及課稅所得額均為570萬元，並予以補稅及就短漏報所得額部分裁處罰鍰。
該局特別提醒，營利事業適用盈虧互抵規定時，應注意所得稅法相關規定，以維護自身權益。如仍有不明瞭之處，可至該局網站（網址為https://www.ntbna.gov.tw）查詢相關法令或撥打免費服務電話0800-000321洽詢，該局將竭誠提供詳細諮詢服務。
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