財政部臺北國稅局表示，經財政部核准由總機構總繳營業稅之營業人，其所屬分支機構依規定仍應向所在地主管稽徵機關申報分支機構之銷售額及進項憑證。
該局說明，依加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第38條第2項規定，依第4章第1節規定計算稅額之營業人，得向財政部申請核准，就總機構及所有其他固定營業場所銷售之貨物或勞務，由總機構合併向所在地主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。而其所屬分支機構雖無須繳納營業稅，惟依同法施行細則第39條規定，仍應向所在地主管稽徵機關申報銷售額及進項憑證。
該局舉例說明，甲公司（稅籍設於高雄市）業經核准由總機構總繳營業稅，並如期報繳114年11-12月期營業稅，惟其所屬分支機構乙分公司（稅籍設於臺北市）卻未於115年1月15日前向該局申報該期銷售額及進項憑證，違反營業稅法第35條及同法施行細則第39條規定，經該局查獲後除通知乙分公司補申報，並依同法第49條規定加徵滯（怠）報金。
該局呼籲，經核准由總機構總繳營業稅之營業人，其所屬分支機構並未因總機構核准總繳即免除申報義務，依規定仍應向所在地主管稽徵機關申報銷售額及進項憑證，倘經查獲未依規定辦理申報，除通知補申報外，並得依營業稅法第49條規定加徵滯（怠）報金，請營業人注意該規定，以維自身權益。
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