集團母公司因未來營運規模、通路擴充或提升產銷效率等因素，於進行水平或垂直整合之併購規畫時，常會委託國內外專家對被收購公司進行各方面評估及媒合對價等事宜，其間因併購交易所支付會計師、律師、鑑價及信託登記等境內外相關費用，如該被收購公司之股權係由集團內之子公司所承受，則母公司因該併購交易所代支付之收購費用，因與公司業務無關，不得列為母公司費用。
南區國稅局表示，最近查核甲公司103年度營利事業所得稅結算申報案件時，發現該公司當年度列報鉅額其他費用，經蒐集該公司公開資訊觀測站相關資料並調閱外匯交易資料，查得甲公司（母公司）係經由境內孫公司收購國外營利事業，並代支付孫公司因收購所產生之國內外會計師、律師、鑑價、信託登記及甲公司派專人實地查核等相關費用計1億餘元，該收購費用係屬孫公司因收購國外公司股權所生之一切必需費用，應計入孫公司帳上長期投資成本，國稅局乃剔除甲公司前開代支付之費用1億餘元，甲公司須補繳稅款1,660餘萬元。
該局指出，所得稅法與營利事業所得稅查核準則對營業費用之認列，須以營利事業為經營「本業」及附屬業務有關之費用或損失為要件，以免不符規定遭稽徵機關剔除補稅，影響自身之權益。
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