財政部臺北國稅局表示，綜合所得稅結算申報列報醫藥及生育費扣除額時，納稅義務人、配偶或受扶養親屬以付與公立醫院、全民健康保險特約醫療院、所，或經財政部認定其會計紀錄完備正確之醫院者為限，且受有保險給付部分，不得扣除。
該局說明，所得稅法第17條第1項第2款第2目之3所定「醫藥費」列舉扣除額之立法意旨，係針對身體病痛接受治療而支付之醫療費用，因屬生活中之必要支出，故於計算所得淨額時予以扣除，惟以該等醫藥費用係支付予「公立醫院、全民健康保險特約醫療院、所，或經財政部認定其會計紀錄完備正確之醫院者為限」，始得列報「醫藥費」扣除額。
該局舉例，納稅義務人甲君109年度綜合所得稅結算申報，列報醫藥及生育費扣除額19萬餘元，其中16萬餘元檢附A診所醫藥費單據，經該局以A診所非屬公立醫院或全民健康保險之特約醫療院、所，亦非財政部認定會計紀錄完備正確之醫院，否准認列。甲君主張，A診所係合法醫療診所，應可認列醫藥費扣除額。經該局復查決定以甲君檢附醫藥費單據與所得稅法規定不符，遂駁回其復查。
該局呼籲，納稅義務人在辦理綜合所得稅結算申報時，應注意醫藥及生育費扣除額以付與公立醫院、全民健康保險特約醫療院、所，或經財政部認定其會計紀錄完備正確之醫院者為限，以免遭補徵稅款。納稅義務人如欲確認就診之醫療院、所是否符合全民健康保險特約醫療院、所，可至衛生福利部中央健康保險署網頁查詢「健保特約醫事機構」，以利正確申報綜合所得稅。
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