南區國稅局表示：營業人間交易如有折抵工程款，應就各自交易總額分別開立統一發票，而非以互抵後之淨額開立統一發票。
該局轄區內甲公司99年間將路面修護工程總價640萬元發包給乙公司，並就該路面刨除剩餘之材料折抵應給付乙公司之工程款40萬元，由乙公司開立銷售淨額600萬元之工程款發票予甲公司，該局認定甲公司未依規定開立及取得憑證40萬元，予以補徵營業稅並處罰。甲公司不服，主張買賣雙方就折抵工程款部分互開統一發票與否，不影響應繳之營業稅等理由，提起行政訴訟，但遭地方法院判決敗訴。
地方法院判決理由指出，甲公司與乙公司約定以刨除料抵銷應給付乙公司之工程款40萬元，無異以刨除料為買賣標的出售予乙公司，刨除料折抵價值40萬元，雖由工程款中扣除，惟僅係債權債務相互抵銷之計算方式，尚非工程總價之減少，甲公司自應就刨除料收入開立統一發票報繳營業稅。且進項稅額須先行申報並經主管稽徵機關審核符合規定後，始得扣抵銷項稅額，非乙公司得自行折抵，逕行簡化程序，況且，甲公司未就刨除料折抵之工程款，取具進項憑證，自不得以該等進項稅額扣抵其因銷售刨除料而短漏報收入之銷項稅額。再者，甲公司如依工程合約書所載工程總價折減刨除料剩餘價值後之餘額開立統一發票，與依工程總價開立統一發票，二者之工程收入金額不同，計算工程損益時即可能出現差異，而影響後續稅捐稽徵管理之正確性，因此判決甲公司敗訴。
該局提醒營業人，發包工程如有折抵工程款情事，應就各自交易分別開立統一發票與對方，並如實全額申報營業稅，千萬勿以交易互抵後之淨額開立統一發票，否則一經查獲將遭補稅處罰，得不償失。
新聞稿聯絡人：法務一科謝稽核 06-2298067
發布單位：
張貼日期：
財政部南區國稅局
2017-01-24