財政部北區國稅局表示，依111年8月30日修正發布「營利事業適用生技醫藥公司股東投資抵減辦法」規定，生技醫藥公司申請適用營利事業股東投資抵減，應於其營利事業股東以現金繳納股票價款當日起滿3年之次年1月底前，申請核發營利事業股東投資抵減稅額證明書。如其營利事業股東以現金繳納股票價款當日起算至本（112）年連續持有滿3年者，應於明（113）年1月底前，檢具文件向公司所在地之稅捐稽徵機關申請核發營利事業股東投資抵減稅額證明書。
該局指出，依生技醫藥產業發展條例第7條規定，為鼓勵生技醫藥公司之創立或擴充，營利事業原始認股或應募生技醫藥公司發行之股票，成為該公司記名股東達3年，且該生技醫藥公司未以該認股或應募金額，依其他法律規定申請免徵營利事業所得稅或股東投資抵減者，得以其取得該股票之價款20%，自有應納營利事業所得稅之年度起，按原始認股或應募年度順序，依序於5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。其每一年度得抵減總額，以不超過該營利事業當年度應納營利事業所得稅額50%為限；前揭營利事業如為創業投資事業，其依規定原可抵減之金額，應由其營利事業股東依持有該創業投資事業股權比例計算可享投資抵減金額，自創業投資事業成為該生技醫藥公司記名股東第4年度起，按創業投資事業原始認股或應募年度順序，依序於5年內抵減該創業投資事業之營利事業股東各年度應納營利事業所得稅額。其每一年度得抵減總額，以不超過該創業投資事業之營利事業股東當年度應納營利事業所得稅額50%為限。
該局進一步說明，生技醫藥公司申請核發營利事業股東投資抵減稅額證明書，應檢具下列文件，並於期限內向公司所在地之稅捐稽徵機關申請，逾期不予受理：
一、創立或增資前、後之公司登記證明文件；如有多次增資，併同檢附投資計畫開始至本次增資之資本形成明細表。
二、生技醫藥投資計畫核准函。
三、議決該次增資之股東會或董事會會議紀錄影本；屬新投資創立者，為發起人會議紀錄影本。
四、營利事業股東繳納股票價款證明文件。
五、營利事業股東繼續持有股票達3年，可適用投資抵減之金額明細表，包括股東戶號、名稱、統一編號、認股股數、認股金額、繳款日期、股票編號或證券存摺、繼續持有達3年之股數、可抵減金額及可抵減稅額。
該局特別提醒，適用生技醫藥產業發展條例第7條之營利事業股東應於辦理稅捐抵減年度之營利事業所得稅結算申報時，檢具營利事業股東投資抵減稅額證明書，向管轄稅捐稽徵機關辦理稅捐抵減。如仍有不明瞭之處，可至該局網站（https://www.ntbna.gov.tw）查詢相關法令或利用免付費服務電話0800-000321洽詢，該局將竭誠提供諮詢服務。
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