財政部中區國稅局表示，個人房地合一新制課稅所得，係以房、地成交價減除原始取得成本、相關必要費用及依土地稅法規定計算之土地漲價總數額為之計算。因已減除土地增值稅稅基之土地漲價總數額，故不得再行減除土地增值稅。
該局進一步說明，個人交易新制土地如前次移轉屬農業使用之農業用地，並申請不課徵土地增值稅，而本次移轉已未作農業使用且應課徵土地增值稅者，其計算新制房地交易所得時，應以該個人持有本次交易土地之期間依土地稅法規定計算之土地漲價總數額，自房地交易所得中減除；至其本次交易未自房地交易所得減除之土地漲價總數額部分所繳納之土地增值稅，得再於計算該房屋、土地交易所得或損失時列為費用減除。而該得減除之土地增值稅金額，應以本次交易依土地稅法規定繳納之全部土地增值稅，按其未自房地課稅所得減除之土地漲價數額占本次交易之全部漲價總數額之比例計算。
該局舉例說明，甲君於90年1月買進農地一筆，持續做為農業使用，並於106年1月將農地出售給乙君，出售時，甲君依土地稅法第39條之2第1項規定，申請其持有期間（90年1月至106年1月）之土地漲價總數額為50萬元，不課徵土地增值稅10萬元；乙君買入後，未將該農地作農業使用，又於111年1月將該地出售給第三人，稅捐稽徵機關依土地稅法第39條之2第5項規定，以90年1月至111年1月間之土地漲價總數額為100萬元，核算乙君應繳納之土地增值稅為30萬元。故乙君繳納包括前手甲君持有期間（90年1月至106年1月）之土地增值稅，惟乙君計算房地合一課稅所得時，依規定僅得扣除自106年1月至111年1月持有期間之土地漲價總數額50萬元。至乙君實際負擔繳納前手持有期間（90年1月至106年1月）土地漲價部分所生之土地增值稅稅額15萬元[=30萬元×((100萬元-50萬元)/100萬元)]，另得作為乙君移轉費用扣除。
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