財政部高雄國稅局表示，納稅義務人若有大陸地區來源所得者，應併同個人綜合所得稅申報並課徵所得稅。其在大陸地區已繳納之稅額，得自應納稅額中扣抵，惟可扣抵稅額不得超過因加計其大陸地區來源所得，而依個人綜合所得稅適用稅率計算增加之應納稅額。
舉例說明如下：甲君104年度有大陸地區來源所得100萬元(已依折算率換算為新台幣，下同)，在大陸地區已繳納所得稅為10萬元，其大陸地區來源所得100萬元應併同個人綜合所得稅結算申報。此外，尚未加計大陸地區來源所得前，甲君個人綜合所得稅應納稅額為20萬元，加計大陸地區來源所得後之應納稅額為26萬元，因加計大陸地區來源所得而增加之應納稅額為6萬元(即26萬元-20萬元)，又甲君在大陸地區完納所得稅10萬元已超過加計大陸地區來源所得增加之應納稅額6萬元，故甲君於大陸地區已繳納所得稅可扣抵稅額為6萬元。
該局進一步說明，申報大陸地區來源所得及可扣抵稅額，應檢附大陸地區稅務機關發給完納所得稅證明文件，且該證明文件應先經行政院設立或指定之機構或委託之民間團體(目前為財團法人海峽交流基金會)驗證，驗證內容包括納稅義務人姓名、住址、所得年度、所得類別、全年所得額、應納稅額及稅款繳納日期等項目供稽徵機關查核。