財政部臺北國稅局表示，納稅義務人於辦理當年度綜合所得稅結算申報時，如有大陸地區來源所得應併入該年度綜合所得稅辦理結算申報，但該年度在大陸地區已繳納的所得稅，可自應納稅額中扣抵。
該局說明，依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第24條第1項規定，臺灣地區人民有大陸地區來源所得者，應併同臺灣地區來源所得課徵所得稅，但在大陸地區已繳納之稅額，得自應納稅額中扣抵，扣抵的數額，不得超過因加計其大陸地區所得，而依臺灣地區適用稅率計算增加的應納稅額。申報扣抵大陸地區已繳納之稅額，應檢附先送經行政院設立或指定的機構或委託的民間團體（目前為財團法人海峽交流基金會）驗證後的證明文件，供稽徵機關核認。
該局舉例說明，甲君辦理109年度綜合所得稅結算申報，漏未申報該年度取得大陸地區來源所得新臺幣40餘萬元，經該局查得，以臺灣地區人民有大陸地區來源所得者，應併同臺灣地區來源所得課徵所得稅，予以補稅並處罰鍰。
該局呼籲，兩岸人民經濟交流頻繁，因大陸地區來源所得非屬稽徵機關應提供查詢所得資料範疇，民眾辦理綜合所得稅結算申報時，如有大陸地區來源所得，仍應併入該年度綜合所得稅辦理結算申報，並確實依規定檢附相關文件供稽徵機關核認，若有申報問題亦可向各地區國稅局洽詢，以免漏報該項所得遭補稅及處罰。
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