財政部南區國稅局表示，兩岸經貿往來密切，營利事業如取得大陸地區來源所得應併入臺灣地區來源所得課徵營利事業所得稅，但在大陸地區及第三地區已繳納之所得稅，得自我國營利事業所得稅應納稅額中扣抵。
南區國稅局說明，企業列報扣抵大陸地區來源所得已繳納所得稅，應注意下列事項:
一、確認所得歸屬年度：係指依權責基礎認定所得歸屬年度的同一年度，而非實際繳納所得稅的年度。
二、檢附之納稅憑證須經認證：屬大陸地區納稅憑證者，應經行政院設立或指定之機構或委託之民間團體驗證，例如經財團法人海峽交流基金會驗證後的大陸地區完稅所得證明文件；屬透過第三地區公司投資大陸之收益所繳納第三地區所得稅之納稅憑證者，應經中華民國駐外使領館、代表處、辦事處或其他經外交部授權機構認證。
三、扣抵上限：申報已繳納之扣抵數額，不得超過因加計其大陸地區來源所得(含屬源自轉投資大陸地區之第三地區公司或事業分配之投資收益)，而依臺灣地區適用稅率計算增加之應納稅額。
四、採用之匯率：以該等地區繳納之所得稅，按實際繳納稅款日之匯率換算為新臺幣之金額。
五、其他證明文件：(一)足資證明源自大陸地區投資收益金額之財務報表或相關文件。(二)足資證明第三地區公司或事業之年度所得中源自大陸地區投資收益金額之相關文件，包括載有第三地區公司或事業全部收入、成本、費用金額等之財務報表或相關文件，並經第三地區或臺灣地區合格會計師之簽證。(三)足資證明第三地區公司或事業分配投資收益金額之財務報表或相關文件。
該局進一步指出，營利事業於結算申報時，未能及時提出大陸地區及第三地區稅務機關發給之納稅憑證，仍得依稅捐稽徵法第28條規定，自繳納稅款之日起5年內提出具體證明文件申請退稅。
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