財政部北區國稅局表示，國內營利事業從事跨國投資佈局或交易乃為國際潮流趨勢，依所得稅法第3條第2項規定，營利事業總機構在中華民國境內者，應就其中華民國境內外全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅。其境外所得已依所得來源國規定繳納之所得稅，可於限額內扣抵應納稅額；另需留意境外所得來源國與我國是否有租稅協定減免課稅之適用，如因未向境外稅捐稽徵機關提出申請適用租稅協定致溢繳之國外稅額，依適用所得稅協定查核準則第36條第2項規定，將不得申報扣抵國內應納營利事業所得稅。
該局舉例說明，轄內甲公司111年度取得日本公司給付的權利金收入新臺幣(下同)1,200萬元，境外扣繳稅額240萬元（在日本適用就源扣繳，稅率20%）列報國外稅額扣抵，惟查甲公司因取得該筆收入的相關成本費用360萬元，計算因加計該國外所得而增加之結算應納稅額為168萬元【(1,200萬元-360萬元)×20％】，甲公司在日本扣繳稅額為240萬元，除超過可扣抵稅額上限168萬元外，另依我國與日本簽署「亞東關係協會與公益財團法人交流協會避免所得稅雙重課稅及防杜逃稅協定」，權利金的上限稅率為10%，因此，甲公司未申請適用租稅協定致溢繳國外稅額120萬元(240萬元-120萬元)，不得申報扣抵國內應納營利事業所得稅，故核定境外可扣抵稅額120萬元。
該局特別提醒，營利事業列報境外可扣抵稅額時，應注意境外收入須減除相關成本、費用，以淨所得計算可扣抵稅額，另需留意有無租稅協定之適用。如仍有不明瞭之處，可至該局網站(https://www.ntbna.gov.tw)查詢相關法令或撥打免費服務電話0800-000321洽詢，該局將竭誠提供詳細諮詢服務。
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