財政部臺北國稅局表示，綜合所得稅納稅義務人於辦理結算申報時，若因夫妻分居而無法合併辦理結算申報，應據實於申報書內載明配偶姓名、身分證統一編號及「分居」字樣，以免遭稽徵機關補稅處罰。
該局指出，我國綜合所得稅係採夫妻合併申報制度，納稅義務人除與配偶在年度中結婚或離婚，於辦理該年度綜合所得稅結算申報時，得選擇分別或合併申報，或夫妻分居，符合民法第1010條第2項難於維持共同生活，不同居已達6個月以上，向法院聲請宣告採用分別財產者、符合民法第1089條之1不繼續共同生活達6個月以上，經法院裁定為未成年子女權利義務之行使或負擔者，或依家庭暴力防制法規定取得通常保護令者，得各自辦理結算申報外，均應合併辦理結算申報。
該局舉例，某甲與配偶於100年間結婚，因夫妻感情不睦而分居，104年1月離婚，某甲與配偶於104年5月各自分別辦理103年度綜合所得稅結算申報，雙方未於結算申報書內載明配偶姓名、身分證統一編號及「分居」字樣，惟某甲與配偶103年度仍有婚姻關係，且無法定得各自辦理結算申報之事由，因未與配偶合併辦理結算申報致短漏稅額，除補稅外，並遭處罰鍰。
該局進一步說明，夫妻應合併辦理結算申報，雙方均有所得時，得選擇各類所得合併計算稅額、薪資所得分開計算稅額或各類所得分開計算稅額之最有利之方式計算稅額。倘夫妻無法定得各自辦理結算申報事由，僅因故分居而無法合併辦理結算申報者，於各自辦理結算申報時，應註明配偶姓名、身分證統一編號及「分居」字樣，否則恐涉有規避累進稅率短漏稅捐，經查獲後除補稅外，亦將處以罰鍰。該局提醒納稅義務人辦理綜合所得稅結算申報時，應注意相關規定，以避免遭補稅送罰。