甲協會來電詢問，先前與某縣政府簽訂一項合作計畫，近期因計畫執行完成，領取了一筆政府補助款，應否繳納營業稅？要如何繳納？
財政部南區國稅局表示，依加值型及非加值型營業稅法規定，在中華民國境內銷售貨物或勞務及進口貨物，均應課徵營業稅（第1條）。銷售貨物或勞務之營業人為營業稅之納稅義務人（第2條）。非以營利為目的之事業、機關、團體、組織（下稱機關團體），有銷售貨物或勞務者，為營業人（第6條）。是以，機關團體受政府單位委託參與辦理行政計畫，如執行成果歸屬政府單位所有或雙方共同擁有者，所收取之補助款為銷售貨物或勞務取得的對價，應依規定報繳營業稅。
例如，甲協會與某縣政府簽訂共同執行計畫合約，約定執行成果歸該政府機關擁有，則甲協會依約所收取的補助款為銷售貨物或勞務而取得之報酬，應開立5聯式之407繳款書，將第4、5兩聯交付該政府機關，並於銷售之次月15日前，持第1、2、3聯向公庫繳納營業稅。
該局提醒，機關團體如有收受政府「補助款」，不能僅以「補助款」名稱即認定所收取款項無須繳納營業稅，需再自行檢視合約內容及款項性質，如有應繳納營業稅者，應於規定期限內繳納，逾限未繳納者，倘在經他人檢舉及稽徵機關或財政部指定的調查人員進行調查前，自動至財政部稅務入口網（https://www.etax.nat.gov.tw）/熱門線上服務/自繳繳款書三段式條碼列印（線上版）點選營業稅407繳款書，輸入相關欄位列印持憑向公庫繳納並加計利息，得予免罰。
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