財政部南區國稅局表示，政府為鼓勵公司從事研究與發展，提升國際競爭力，對於公司之研究發展支出，訂有租稅減免之獎勵規定；但是，如果公司有向各級政府機構申請研究補助，並取得政府補助款，除了在辦理營所稅結算申報時要將該筆補助款列報為收入外，並且應自申請租稅獎勵之研究發展支出中減除。
南區國稅局進一步表示，依「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」及「中小企業研究發展支出適用投資抵減辦法」規定，公司適用投資抵減之研究發展支出，不包括政府補助款在內。也就是說，公司適用投資抵減的研究發展支出應排除政府補助款，以避免同一筆研發費用支出享有政府補助及租稅減免的雙重優惠。
該局轄內某公司104年度營利事業所得稅結算申報案，列報有研究發展支出1,200萬元，並依中小企業發展條例申請適用研發投資抵減當年度稅額180萬元（支出1,200萬元×抵減率15%），經進一步查核發現，該公司於當年度有取得經濟部給付研究發展計畫補助款400萬元，雖然已按規定將補助款列報為其他收入，但該筆補助款並未從申請投資抵減的研究發展支出中減除，該局依規定減除後，適用投資抵減之研究發展支出只有800萬元，可抵減稅額為120萬元，補徵稅額60萬元。
該局呼籲，營利事業列報適用投資抵減之研究發展支出時，須注意相關規定，以免遭國稅局剔除補稅，影響權益。
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