醫療院所負責人辦理綜合所得稅結算申報時，應將民眾就醫繳納之健保部分負擔併入健保收入，以正確申報個人綜合所得稅執行業務所得。
財政部南區國稅局表示，全民健保特約醫療院所應申報全民健康保險收入（含部分負擔）、掛號費收入及非屬全民健康保險收入。又依我國現行健保制度之設計，民眾於就醫時，除符合免自行負擔費用規定外，均須向保險醫事服務機構（即特約醫療院所）繳納部分負擔。因此，衛福部中央健康保險署（以下簡稱健保署）按給付金額開立給醫療院所之扣繳憑單並未包含民眾所繳付之部分負擔金額，醫療院所負責人在計算執行業務所得時，須自行加計民眾所繳納之健保部分負擔金額。
該局指出，轄內甲君為健保特約診所負責人，健保署開立予該診所112年度扣繳憑單金額242萬元，另向就醫民眾收取健保部分負擔金額26萬元，漏未計入健保收入，致甲君辦理112年度綜合所得稅結算申報時，僅列報扣繳憑單金額242萬元為診所之健保收入，短漏報執行業務所得，經該局查獲，除補徵稅額外，並按所漏稅額裁處罰鍰。
該局特別提醒，醫療院所負責人可以向健保署申請醫療費用分列項目表，依表裡所列「部分負擔」資料（部分負擔及掛號人次等）正確申報執行業務所得，倘因疏忽而有短漏報所得情事，應儘速依稅捐稽徵法第48條之1規定，自動向國稅局補報並加計利息補繳稅款，以免受罰。
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