財政部南區國稅局表示，醫療院所所得計算，是將各項應申報收入減除藥品、材料等成本及業務所產生各項必要費用後的餘額為所得額，而前述收入項目大致包括全民健康保險收入、部分負擔收入、掛號費收入及非屬全民健康保險收入（例如門診自費收入）等。
國稅局進一步說明，在各項收入中，一般醫療院所比較容易疏忽致短漏報門診自費收入，因此醫療院所收取自費收入為國稅局的查核重點。例如該局曾查獲轄內某眼科診所，其主要診治項目為白內障手術，因該項手術除健保補助外尚有不少病患選擇自費更換人工水晶體，國稅局蒐集分析相關資料，發現該診所設備新穎、聘僱醫師多人，其申報執行業務所得，全年一般門診自費收入與實際營業收入並不相當，經查得該診所短漏報向患者收取人工水晶體的自費收入，遭調增收入補稅並處罰鍰。
國稅局呼籲，醫療院所應覈實申報向病患收取的自費收入，如有短、漏報情事，未經檢舉及稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，應儘速依稅捐稽徵法第48條之1規定自動向稅捐機關補報並補繳所漏稅款並加計利息，以免漏報遭補稅加罰。
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