財政部臺北國稅局表示，一例一休新制上路後，邇來接獲機關、團體、公私營事業詢問，員工於例假日與休假日執行職務所支領之加班費，哪些加班時數須計入每月延長工作時間總時數？哪些加班費須課徵個人所得稅？
該局說明，依據勞動基準法第32條第2項規定，雇主延長勞工之工作時間連同正常工作時間，每日不得超過12小時，延長之工作時間，每月不得超過46小時。而超過每月46小時之加班費，應依所得稅法第14條第1項第3類規定，計入該勞工之薪資所得課稅。
該局指出，因應一例一休新制，適用勞動基準法之各行業事業員工，為雇主之目的，於勞動基準法第36至38條所定之「例假日」、「休假日」與「特別休假日」執行職務，其工作時間未超過8小時部分，且支領之加班費符合同法第39、40條規定者，不計入前述每月延長工作時間總時數且免納所得稅；但超過8小時之加班時數，則須計入每月延長工作總時數內。另依同法第36條新增之「休息日」，除因天災、事變或突發事件有工作必要者外，雇主使勞工於「休息日」工作之時間，則須計入每月延長工作時間總時數內。
該局進一步舉例說明，員工甲君於106年3月平常工作日合計延長工作時數為20小時，另外例假日與休息日也各有1天加班滿12小時，故甲君3月份延長工作時間加班總時數為36小時【20＋例假日（12－8）+休息日12】，尚在46小時限額內，故該36小時加班費免計入薪資所得課稅。
該局呼籲，扣繳單位嗣後如發現有漏報應課稅之加班費情事，在未經檢舉或稽徵機關進行查核前，應儘速辦理自動補申報薪資所得扣免繳憑單，始有適用稅務違章案件減免處罰標準之有關罰鍰減免規定。