財政部北區國稅局表示，營業人及所屬分支機構間，如以專營銷售應稅貨物或勞務或兼營者之一方名義購買貨物或勞務，再轉供專營或兼營銷售免稅貨物或勞務之其他所屬機構使用或出售，其總、分支機構如係採用分別報繳營業稅者，應視為銷售貨物或勞務開立統一發票。
該局進一步表示，營業人及所屬分支機構間發生貨物、勞務調撥的情形，在帳務上可能僅作簡單之調整；惟依加值型及非加值型營業稅法（下稱營業稅法）第19條規定，營業人銷售免稅貨物或勞務其進項稅額不得扣抵營業稅，倘兼營免稅貨物或勞務，有部分不得扣抵情形者，應按兼營營業人營業稅額計算辦法計算不得扣抵比例調整計算應納營業稅額；營業人總、分支機構，如採分別報繳營業稅，且總、分支機構為專營或兼營銷售免稅貨物的營業人，則總、分支機構應依上揭規定，分別按其應稅、免稅銷額計算不得扣抵比例。因此，營業人及所屬分支機構如採分別報繳營業稅，且貨物或勞務是轉供專營或兼營銷售免稅貨物或勞務之其他所屬機構使用，其營業人及所屬分支機構間貨物之調撥，則會影響總、分支機構之應稅、免稅銷售額，致影響其個別計算不得扣抵比例，為防杜取巧，應依營業稅法第3條第3項第1款或第4項規定，視為銷售貨物或視為銷售勞務辦理，並開立統一發票。
該局舉例說明，日前接獲轄內甲公司詢問，總公司為專營應稅貨物之營業人，109年於金門地區設立分公司，陸續將其存貨，調撥至金門分公司銷售，是否應開立統一發票；經查甲總公司及金門分公司之營業稅係採分別報繳，依離島建設條例第10條第1項規定，金門地區之營業人於當地銷售並交付使用之貨物或當地提供之勞務，免徵營業稅，依上揭規定甲總公司調撥貨物予金門分公司應依規定開立統一發票，該局隨即輔導甲總公司自行補報補繳109年至110年間調撥至金門地區之貨物，銷售額4,670餘萬元，營業稅233萬餘元。
該局籲請，總分支機構間有貨物、勞務互相調撥情形，且總分支機構採分別報繳營業稅之營業人，自我檢視如有上揭情形，在未經檢舉、未經稅捐稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，依稅捐稽徵法第48條之1規定，向稅捐稽徵機關補報並加計利息補繳所漏稅款，以避免事後經查獲補稅處罰。如仍有不明瞭之處，可撥打免付費服務專線：0800-000-321洽詢，該局將竭誠提供詳細之諮詢服務。
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