財政部臺北國稅局表示，夫妻之所得務必合併申報繳稅，如未合併申報，除依法補徵應納稅額外，並依所得稅法第110條第1項規定按所漏稅額處2倍以下之罰鍰。
該局指出，按所得稅法第15條第1項規定：「納稅義務人之配偶，及合於第17條規定得申報減除扶養親屬免稅額之受扶養親屬，有前條各類所得者，應由納稅義務人合併報繳。」
除納稅義務人與配偶分居符合所得稅法第15條第3項規定及納稅義務人與配偶分居得各自辦理綜合所得稅結算申報及計算稅額之認定標準，始可分別申報，否則將依財政部104年12月4日台財稅字第10404647251號令配合修正公布所得稅法第15條條文，修正後財政部100年3月28日台財稅字第10004004910號令釋規定：「不符合『納稅義務人與配偶分居得各自辦理綜合所得稅結算申報及計算稅額之認定標準』規定之分居夫妻，其所得分開申報而未於申報書寫明配偶關係，致逃漏稅捐者，應依所得稅法第110條第1項規定歸戶補稅處罰。」
該局進一步指出，最近有一案例，納稅義務人甲君及其配偶103年度綜合所得稅分開申報，分別列報儲蓄投資特別扣除額，經原處分機關合併審查，甲君與配偶於該年度並無上開規定之分居事實，其未依首揭規定就其與配偶之所得合併申報，並擇一方式計算稅額，經原處分機關採其配偶各類所得分開計算稅額之最有利方式計算，並以合併儲蓄投資特別扣除額270,000元為限，剔除超限之160,818元，補徵稅額。甲君不服，主張103年度夫妻所得分開申報及分別列報儲蓄投資特別扣除額等情，申經該局復查結果，仍以駁回。
該局呼籲，所得稅法規定夫妻所得除有因符合上開分居認定之事實，得各自辦理綜合所得稅結算申報及計算稅額外，餘納稅義務人及其配偶仍應依規定合併申報課稅。納稅義務人如有不符合『認定標準』規定之分居夫妻，惟不知對方所得，確有合併申報之困難者，其所得分開申報時，亦應於申報書內載明配偶姓名及身分證統一編號，以免因夫妻分開申報，致漏稅而受罰。