營利事業未依規定保存憑證，應按未保存之憑證經稽徵機關查明認定之總額，處以5%以下的罰鍰，處罰金額最高不得超過新臺幣100萬元。如屬銷貨者，稽徵機關並可按當年度當地同時期同業帳載，或新聞紙刊載，或其他可資參證之該項貨品最高價格，核定其銷貨價格；如屬進貨者，稽徵機關可按當年度當地該項貨品之最低價格，核定其進貨成本。營利事業當年度使用之帳簿因故滅失者，得報經該管稽徵機關核准另行設置新帳，依據原始憑證重行記載，依法查帳核定。營利事業當年度關係所得額之全部或一部之原始憑證，因遭受不可抗力災害或有關機關因公調閱，以致滅失者，該滅失憑證所屬期間之所得額，稽徵機關得依該事業以前3個年度經稽徵機關核定純益率之平均數核定之。其屬新開業或由小規模營利事業改為使用統一發票商號者，該滅失憑證所屬期間之所得額，得依上年度查帳核定當地同業之平均純益率核定之。又災害損失部分，如經查明屬實，可依營利事業所得稅查核準則第102條規定予以核實減除。營利事業之帳簿憑證，在辦理結算申報後未經稽徵機關調查核定前，因遭受不可抗力災害或有關機關因公調閱，以致滅失者，除其申報純益率已達該事業前3個年度經稽徵機關核定純益率之平均數者，從其申報所得額核定外，申報純益率未達前3個年度核定純益率之平均數者，應按前項規定辦理。營利事業有前述因遭受不可抗力災害以致帳簿憑證滅失情形者，應依營利事業所得稅查核準則第102條第2款規定，併同災害損失報請稽徵機關派員勘查屬實或提出確實證據證明屬實。營利事業之帳簿憑證滅失者，除合於前述規定情形者外，稽徵機關應依所得稅法第83條及同法施行細則第81條規定，就查得資料或同業利潤標準，核定其所得額。但是，如果有下列5種情形，可以免予處罰並予認定：
1.取得買受人簽章證明與其所持有之憑證相符的影本。
2.取得經原出具憑證之營利事業簽章證明與其自留之存根聯相符的影本。
3.保留自行蓋章證明之扣抵聯影本。
4.統一發票經核定添印副聯，其副聯已送稽徵機關備查，並取具該稽徵機關之證明者。
5.因交易相對人應給與而未給與統一發票，致無法取得合法憑證，其已誠實入帳，能提示送貨單及支付貨款證明，於稽徵機關發現前由會計師簽證揭露或自行於申報書揭露，經稽徵機關查明屬實者。
（稅捐稽徵法第44條）
（所得稅法第27條）
（營利事業所得稅查核準則第11條、第14條、第23條、第38條、第67條）