財政部臺北國稅局表示，民眾如有大陸地區來源所得，應併入綜合所得稅辦理結算申報，其在大陸地區已繳納之稅額，得自應納稅額中扣抵。
該局表示，最近查核發現多起納稅義務人於申報綜合所得稅時，漏未申報大陸地區來源所得，致造成補稅及處罰之案例，請民眾多加注意。納稅義務人申報大陸地區來源所得時，應檢附經「財團法人海峽交流基金會」驗證後之大陸地區完納所得稅證明文件，其在大陸地區已繳納之所得稅，可自應納稅額中扣抵，並不會產生所得重複課稅的情況，惟扣抵之數額不得超過因加計其大陸地區所得，而依其適用稅率計算增加之應納稅額。
該局舉例說明，甲君綜合所得總額包含大陸地區來源所得的應納稅額為20,000元，不含大陸地區來源所得之應納稅額為15,000元，其差額5,000元就是大陸地區來源所得之應納稅額(20,000元-15,000元)，即申報大陸地區已繳納所得稅可抵扣稅額以5,000元為上限。
該局特別提醒納稅義務人，因大陸地區來源所得非屬稽徵機關提供查詢所得資料範圍，納稅義務人申報綜合所得稅時，仍應依法一併辦理申報，以免造成漏報該所得遭補稅處罰，並記得取具大陸地區完納所得稅證明文件及送經財團法人海峽交流基金會驗證，以免影響抵扣應納稅額權益。