營業人從事包作業承包營繕工程，應按工程合約進度之應收款開立發票。但當有工程逾期而遭業主罰款時，營業人時有以少收工程款來抵付罰款，卻誤以應收工程款抵付罰款後之較低金額開立發票，致發生短漏開統一發票之情事。
南區國稅局佳里稽徵所表示，包作業承包工程應依「營業人開立銷售憑證時限表」規定，按工程合約所載每期應收價款時開立統一發票，營業人逾期完工遭處罰款與依限開立發票係屬二事，不得因以工程款抵付逾期罰款而免除開立發票與報繳稅款之義務。
舉例來說，甲公司承包乙公司營造工程，因工程逾期完工，乙公司依工程合約規定處甲公司罰款15萬元，甲公司以應收取工程尾款50萬元抵付罰款15萬元後，向乙公司收取35萬元。此時，甲公司依規定應開立發票50萬元，如僅開立發票35萬元，將被國稅局依加值型及非加值型營業稅法及稅捐稽徵法規定認定短漏開發票15萬元，應予補稅及處罰。
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