財政部北區國稅局表示，營業人總機構與其分支機構未申請總繳營業稅款，而應分別申報銷售額、應納或溢付稅額者，其各項進、銷項憑證，即不能參雜使用，如有涉及違章情事，應以其實際發生違章行為之總機構或分支機構為違章主體論罰。
該局指出，轄內甲分支機構於申報營業人銷售額與稅額申報書時，誤將總機構之進項憑證申報扣抵銷項稅額，致虛報進項稅額，經該局查獲，核定補徵營業稅額並處罰鍰。甲分支機構不服，主張其在法律上與總機構具有同一法人人格，所誤報進項是總機構進項，並非虛設行號也非他人之進項，並無逃漏之故意，且錯誤亦屬合理範圍，並無構成行政罰之過失要件，應符合稅務違章案件減免處罰標準第15條第2項第2款「登錄錯誤」免罰規定等語，申經復查及提起訴願均遭駁回，遂提起行政訴訟，全案經臺北高等行政法院判決駁回確定在案。
該局進一步解釋，甲分支機構與總機構係採分別申報銷售額、應納或溢付營業稅額，核屬各別獨立之營業稅納稅主體，此與公司法所定之一公司僅有一人格者，尚有不同，因其尚未經財政部核准與其總公司合併總繳營業稅，並不能因係屬總分支機構即可參雜使用進、銷項憑證，且與減免處罰標準第15條第2項第2款所定對自身得持以申報營業稅之進項憑證登錄錯誤之情形，性質迥異，則甲分支機構將總機構之進項憑證，申報扣抵銷項稅額，已構成虛報進項稅額之事實，尚不得以其總機構該年度當期累積留抵稅額，抵充其漏繳之營業稅，其當期營業稅申報及繳納作業，即會發生應納稅額之差距，自應受罰。
該局特別提醒，總分支機構為不同之營業稅納稅主體，於申報時應善盡注意及檢查之義務，其未申請總繳營業稅款，不得以總機構之統一發票充作自身之進、銷項憑證，對於申報及繳付稅款等資料，應確認無訛後，始得提出申報，以免因疏失而遭受處罰。
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