財政部北區國稅局表示，依企業併購法第43條規定，合併後存續或新設公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，得將各該參與合併之公司於合併前依所得稅法第39條規定得扣除之各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例重新計算可扣除之虧損金額，自虧損發生年度起10年內自當年度純益額中扣除。
該局舉例說明，轄內甲公司於107年7月1日與乙公司合併，甲公司為存續公司，乙公司為消滅公司，甲公司合併前股權為2000股，因合併發行新股予乙公司股東1000股，即合併後甲公司原股東股權比例為2/3，乙公司股東股權比例為1/3。合併時甲公司經稽徵機關核定尚未扣除之虧損金額為103年度600萬元及105年度300萬元；乙公司經核定尚未扣除之虧損金額為103年度900萬元、105年度600萬元及106年度300萬元。甲公司111年度營利事業所得稅，列報前10年核定虧損本年度扣除額2,700萬元，該局查得甲公司未依規定將各該參與合併之公司各期虧損尚未扣除金額，按合併後股權比例重新計算得扣除之虧損金額，經該局重新計算甲公司實際得扣除之虧損金額為1,200萬元，應調整補稅300萬元並依所得稅法第100條之2規定加計利息。簡要列表計算如附表。
該局提醒，營利事業列報合併後可扣除之虧損時，應按各該參與合併公司合併後股權比例正確計算可扣除之虧損，以免因申報錯誤而遭調整補稅，影響自身權益。如有任何疑問，可至該局網站（https://www.ntbna.gov.tw）查詢相關法令或利用免費服務電話0800-000321洽詢，將有專人為您詳細說明。
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