為維護租稅公平，有效遏止逃漏菸酒稅，稽徵機關每年均會就菸酒稅進行稽查作業。菸酒產製廠商應依菸酒管理法有關規定取得許可執照，並按菸酒稅法第9條辦理廠商及產品登記後，按同法第12條規定於產製應稅菸酒出廠當月之次月15日前向公庫繳納應納稅額，並向國稅局辦理申報。
財政部高雄國稅局表示，114年度菸酒稅選案查核作業將自114年4月1日開始執行，請菸酒稅納稅義務人先行檢視帳簿憑證及相關申報作業是否依規定辦理，以免遭補稅處罰。該局彙整以下菸酒稅常見違規或疏失態樣，提醒菸酒稅納稅義務人注意：
一、未辦理廠商或產品登記。
二、短報或漏報出廠數量。
三、免稅菸酒未經補稅，擅自銷售或移作他用。
四、停止出廠期間，擅自產製應稅菸酒。
五、原料或成品數量與帳載不符。
六、酒精度高於包裝標示。
七、加鹽料理酒鹽度不足。
八、在廠內供消費（例如：於廠內提供試飲、員工自用或作為促銷贈品）而未報繳。
九、以食用酒精添加香料製成酒品，課稅類別申報不實。
該局舉例說明，甲產製廠商生產Ａ酒品，原登記容量600毫升，因應市場需求，若欲變更容量為300毫升，則應於產製容量300毫升的Ａ酒品前，填具產品登記申請表並檢附酒品照片、標示及圖樣等相關資料，向主管稽徵機關重新辦理產品登記。
該局提醒，為落實愛心辦稅，114年3月1日至同年月31日為輔導期，請菸酒稅納稅義務人自我檢視有無前開短漏報稅款或違反稅法相關規定情事，在未經檢舉、未經稅捐稽徵機關或財政部指定調查人員進行調查前，依稅捐稽徵法第48條之1規定，自動補報並補繳所漏稅款及加計利息，可免予處罰。如仍有疑義，可撥打免費服務電話0800-000321，或至該局網站（https://www.ntbk.gov.tw）利用國稅智慧客服「國稅小幫手」線上查詢。
提供單位：銷售稅組
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