依加值型及非加值型營業稅法第38條規定，經財政部核准由總機構及分支機構所銷售之貨物或勞務，由總機構合併向所在地主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付稅額之營業人，分支機構涉及漏稅情事，應以總機構為違章主體，且為違章計次處分之對象。
財政部高雄國稅局舉例，甲總公司之分支機構乙分公司，於114年3-4月期營業稅採網際網路申報，因登錄錯誤，涉有漏報銷售額及虛報進項稅額應處罰情形，惟乙分公司重複登錄進項稅額占該期申報全部進項稅額之比率為3%，及漏登錄銷項稅額占該期申報全部銷項稅額之比率為4%，均在7%以下，符合稅務違章案件減免處罰標準第15條第2項第2款規定免罰，又乙分公司係以總機構甲總公司為申報主體，該違章計次處分應以甲總公司為對象；倘甲總公司114年1-2月已累積計次違章2次，加計本次違章行為後，已達一年內有相同違章事實3次以上，依前述減免處罰標準第24條第1款規定，甲總公司將無免罰之適用。
該局進一步補充，營業人之總機構及其他固定營業場所，設於中華民國境內各地區者，應分別向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額，總分支機構各為營業人，如未申請合併申報而有涉及漏稅情事時，依規定應由實際發生之總機構或分支機構為違章罰緩或計次處分之主體，並由所在地主管稽徵機關裁處之。民眾如有相關問題，可撥打免費服務電話0800-000-321洽詢，也可至該局網站（https://www.ntbk.gov.tw）利用國稅智慧客服「國稅小幫手」查詢。
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