財政部臺北國稅局表示，公司組織之營利事業適用所得稅盈虧互抵時，虧損年度如有符合規定之免徵或免納營利事業所得稅所得，應先抵減各該期核定虧損後，再以虧損之餘額抵減當年度純益額；其申報虧損扣除額如與規定可扣除數有差異而補徵稅款，應另依規定加計利息一併徵收。
該局進一步說明，依所得稅法第39條第1項但書規定，公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用同法第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課；又依營利事業所得稅查核準則第111條之2第1項規定，營利事業依前述規定申報盈虧互抵，應將各該期下列規定之所得額，先抵減各該期核定虧損後，再以虧損之餘額扣除：
一、依所得稅法第42條規定不計入所得額之投資收益。
二、依獎勵民間參與交通建設條例第28條規定免納營利事業所得稅之所得額。
三、依促進民間參與公共建設法第36條規定免納營利事業所得稅之所得額。
四、依其他法律規定，於計算課稅所得額時減除免徵或免納營利事業所得稅之所得額，且損失自課稅所得額減除者，該免徵或免納營利事業所得稅之所得額。
該局舉例說明，甲公司111年度營利事業所得稅結算申報，列報「前10年核定虧損本年度扣除額」新臺幣（下同）150萬元，係110年度核定之虧損150萬元（即核定課稅所得額-150萬元），惟查甲公司110年度因受嚴重特殊傳染性肺炎影響致營業發生損失，並領取政府補助款200萬元，該補助收入雖依廢止前嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例第9條之1規定，免納所得稅，但依前揭規定，甲公司自111年度純益額中扣除110年度虧損金額時，該免納所得稅之補助收入應先抵減110年核定虧損。案經重新計算110年度已無虧損可供111年度扣除，爰核定111年度准予虧損扣除之金額為0元，調增課稅所得額150萬元，並補徵稅額30萬元（150萬元×稅率20%）及依所得稅法第100條之2規定加計利息一併徵收。
該局呼籲，公司組織之營利事業適用所得稅法第39條第1項但書規定之盈虧互抵，應注意虧損年度是否有應先抵減核定虧損之免徵或免納營利事業所得稅之所得額，避免因申報錯誤而發生需補徵稅款及加計利息之情形。
（聯絡人：營所稅組許股長；電話2311-3711分機1262）