公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定之盈虧互抵時，虧損年度如有不計入所得額課稅之投資收益，其虧損金額應先減除該投資收益後，再自本年度純益額中扣除。
財政部高雄國稅局說明，依所得稅法第39條第1項但書規定，公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。但核定虧損年度如有依同法第42條規定不計入所得額之投資收益，按營利事業所得稅查核準則第111條之2第1項第1款規定，其虧損金額應先減除該投資收益後，再自本年度純益額中扣除，如未減除投資收益，造成申報虧損扣除額超過規定可扣除數，經核定補徵稅款者，應依所得稅法第100條之2規定按日加計利息一併徵收。
該局舉例說明，甲公司112年度營利事業所得稅結算申報，列報「前10年核定虧損本年度扣除額」新臺幣（下同）1,400萬元，係111年度核定之虧損，惟查甲公司111年度有依所得稅法第42條規定不計入所得額之投資收益100萬元，依前揭規定，甲公司得自112年度純益額中扣除之111年度虧損金額，應先減除111年度投資收益100萬元，經重新計算甲公司112年度可自純益額中扣除111年度虧損金額為1,300萬元（1,400萬元-100萬元），故調增甲公司112年度課稅所得額100萬元，並補徵稅額20萬元（100萬元×稅率20%）及加計利息一併徵收。
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